En karantän Lockdown är ett sätt att innehålla ett utbrott av en sjukdom från att nå allmänheten. Atlantis har ett automatiskt system som upptäcker och karantän av infekterade utan möjliggör även för människor som har möjlighet att hjälpa in i karantänen. Detta system var först stötte på när en De gamla nanovirus släpptes från nanite lab. Tyvärr hade sensorerna i området skadats av den senaste tidens översvämningar och systemet aktiverades inte förrän Dr Peterson transporteras till mässan. (ATL: "Hot Zone")
Fyra år senare, efter en jonosfärisk störning, in i staden till en kategori fem lockdown, som beseglade varje dörr i staden, funktionshindrade all kommunikation och aktiverat en subrymd nödsändare. När staden trodde att karantän hade brutits, aktiveras den själv förstörelse och funktionshindrade alla dator tillträde samt. (ATL: "Quarantine")